Восемь боковых капелл внутри церкви 16-17 веков делают внутренний интерьер церкви одним из самых роскошных и дорогих. Особенно выделяется четвертая капелла слева Сан Жуан Баптишта, заказанная в Риме королем Жуаном V в 1740 году, капелла выполнена из самых дорогостоящих материалов: бразильского золота, ценных пород амазонской древесины, слоновой кости, агата, аметиста, серебра, холцедонов, для колонн использован лазурит из Афганистана, для статуй ангелов — каррарский мрамор. После благословения папой Бенедиктом XIV в 1747 году капеллу разобрали и на трех судах отправили в Лиссабон, где ее вновь собирали в течении года.
В основе картин, которыми украшена часовня — сюжеты из жизни миссионеров иезуитского ордена в португальских владениях в Азии, сопряженными с опасностями и лишениями. На одной из картин — парусник с миссионерами, пробивающийся сквозь пучину волн. В 1584 году старейшую капеллу Сан Рок(третья справа) художник Франсишку ди Матуш украсил плиткой азулежу, создав эффектный узор из синего, красного и зеленого рисунка на желтом фоне в строгой ренессансной манере. Сюжетом этого панно стали сцены из жизни Святого Роха, небесного покровителя, оберегающего от чумы.