На Южном Сахалине в японском губернаторстве Карафуто (1905–1945 гг.) также был основан музей. В административном центре г. Тойохара для демонстрации коллекций по естественной истории острова японские власти построили новое здание музея в 1937 году на пожертвования населения. Здание музея губернаторства Карафуто выполнено в традиционном японском архитектурном стиле «тэйкан-дзукури» – «императорской короны». В нем экспонировались коллекции по этнографии коренных жителей Южного Сахалина, по палеонтологии, зоологии, ботанике и т. п. С музеем были связаны имена японских исследователей айноведа Тири Масихо, этнографа Ямамото Тосио, ботаника Сигедзо Сугавара и других. Коллектив публиковал научные сборники, статьи, книги.