9 мая 1936 года нарком обороны Климент Ворошилов подписал приказ о сооружении комплекса зданий Военно-морской академии на тысячу слушателей и финансировании этого строительства.
Составление проекта решили передать архитектору отдела проектных работ Инженерно-строительной службы Военно-морских сил Александру Васильеву. В содружестве с Александром Романовским (интерьерами занимались Кирилл Халтурин и Василий Савков) он смог за месяц разработать чертежи и согласился руководить стройкой в должности главного архитектора. Проект был утвержден в ноябре 1937 года.
Место будущего строительства прежде не пустовало. Под снос пошли пять домов (деревянных 2-этажных) по набережной и три — в глубине сада. Ленсовет утвердил ходатайство академии о выплате компенсаций их жильцам.
Здание к июлю 1941 г. было выстроено вчерне и наполовину завершены отделочные работы. Но здание пришлось законсервировать. В 1942 г. погиб автор здания.
Летом 1944 года строительство продолжилось, им занимались архитектор Давид Бурышкин и его помощники.
В 1965 – 1967 годах восточное крыло здания было удлинено путем пристройки нового лабораторного корпуса, выполненного в тех же неоклассических формах.
Здание Военно-морской академии имени адмирала флота Советского Союза Н. Г. Кузнецова является объектом культурного наследия регионального значения.