Строится на месте снесённой властями города 9 ноября 1938 года (Хрустальная Ночь) Новой либеральной синагоги на средства НО "Фонд строительства Синагоги в Калининграде". В архитектурном плане проект в общих формах повторяет историческое здание, но в упрощённой стилистике, близкой историзму, тогда как историческое здание было декорировано в неоготическом стиле.
Формально открыта 8 ноября 2018 г. в память 80-й годовщины Хрустальной Ночи, по состоянию на январь 2020 г. здание числится не принятым в эксплуатацию. В здании ведутся отделочные работы.
