Построен в 1868 г. в деревне Мерекюла в честь Казанской иконы Божией Матери. Храм перенесен в Нарва-Йыэсуу в 1948 г.
Освящен 28 августа 1948 года епископом Таллиннским и Эстонским Исидором (Богоявленским) во имя святого Равноапостольного Князя Владимира.
30 января 2013 года, по благословению епископа Нарвского и Причудского Лазаря, приход вернул свое прежнее название — в честь Казанской иконы Божией Матери.
Серъёзно пострадал при пожаре 14.02.2021. При втором пожаре 19.06.2021 практически уничтожен. В обоих случаях подозревается поджог.