Изначально на месте церкви в 1167—1173 гг. был построен каменный храм Бориса и Глеба — величественная, трехапсидная, шестистолпная постройка с лестничной башней. В 1405 г. из-за пожара охватившего Людин конец церковь сильно пострадала и в 1441 г. по указу архиепископа Евфимия II строится новый храм на старом основании. При строительстве была разобрана лестничная башня и на её основании сооружён отдельный придел Андрея Стратилата.
При завоевании Новгорода шведами в начале XVII века собор подвергся сильному разрушению.
В 1682 году Борисоглебский собор обрушился и был разобран до основания, а сохранённый придел Андрея Стратилата расширен к востоку и обращён в самостоятельную церковь.
В первой половине XIX в. храм перестраивается. Тогда был устроен новый свод в западном объёме и новый карниз, заменена кровля, сделана небольшая главка и звонница, а также укреплены фундаменты под северной стеной.
В годы Великой Отечественной войны церковь пострадала: была повреждена кровля, осыпалась штукатурка, разобраны полы.
В 1947 г. здание отремонтировали. В 1969 г. под руководством профессора М. К. Каргера произведены исследования оснований лестничной башни XII в. внутри и снаружи западного объёма церкви.
В 1970-е гг. состояние памятника начало резко ухудшаться — стены пошли трещинами. Под руководством архитектора Новгородской реставрационной мастерской Г. М. Штендера были осуществлены противоаварийные работы.
В 2000-2003 гг. проведены реставрационные работы фирмой «Десна» по проектам О. Н. Коваленко и Л. Г. Марковой. В процессе работ были укреплены несущие конструкции здания: кладки стен, сводов, фундаментов. Из известняковых плит выложили пол в западном объёме таким образом, чтобы выявить форму круглого основания и стен лестничной башни. Тогда же под руководством Е. И. Серегиной, художниками — реставраторами Межобластного научно-реставрационного художественного управления г. Москвы была раскрыта и укреплена настенная живопись XVI — XVII веков внутри храма.
Объект культурного наследия народов РФ № 5310033046. Объект всемирного наследия.
В 1305 году Семеном Климовичем при башне на воротах была построена каменная церковь Покрова Богородицы, от которой башня получила своё название.
Церковь была перестроена заново в 1389 году посадником Григорием Якуновичем.
При перестройке детинца в XV веке, церковь и проезжая башня быль отстроены вновь, когда возводился Малый земляной город, с тех пор башня глухая (непроезжая), так как прямого доступа к Прусской улице с тех пор не стало, а Покровская церковь тогда построена была несколько севернее, но с башней соединена.
В 1693—1695 гг. Покровская церковь очередной раз была перестроена.
Памятник архитектуры. Номер объекта: 5310033048.
Дом причта Софийского собора.
В настоящее время используется для размещения детского музейного центра.
Памятник архитектуры. Номер объекта: 5310033043.
Здание для губернских Присутственных мест возведено в 1783—1786 гг., архитектор В. С. Поливанов. В 1805 г. здание сгорело, восстановлено в 1815—1825 гг. архитектором И. Рогинским с изменением декора фасадов. Во время Великой Отечественной войны здание серьёзно пострадало: обрушилась крыша и перекрытия, во многих местах повреждена штукатурка. Здание восстанавливалось до 1957 года, когда было приспособлено под музей и библиотеку по проекту А. Т. Богоровой. Возведены новые железобетонные перекрытия. В 1970—1990 гг. проводились ремонтно-восстановительные работы под руководством Г. М. Штендера. В здании размещаются экспозиции Новгородского музея-заповедника и областная библиотека.
Объект культурного наследия России федерального значения рег. № 561410024230526.