Строительство вокзала началось весной 1933 года, одновременно с работами над каналом Москва-Волга, и продолжалось четыре года и восемь месяцев. В строительстве вокзала, как и при сооружении канала, использовался труд заключенных Дмитровлага. Само здание и прилегающие к нему причалы и грузовой порт были построены на сухом месте, до заполнения водохранилища. Химкинский речной вокзал стал на тот момент двенадцатым вокзалом в Москве.
К 2000 г. здание обветшало и было практически бесхозным.
Реконструкция с ноября 2018 г. по сентябрь 2020 г.
Объект культурного наследия народов РФ регионального значения. Рег. № 771310006630005 (ЕГРОКН).
Москва Дата: 16 октября 2018 г.