В 1937 году собор был закрыт и на его территории разместился зоопарк, а впоследствии складские помещения. В 40-е годы была разрушена колокольня.
Снова собор открыт в 1942 г. В 1950 году в соборе был произведен ремонт и восстановлены росписи, в 1988 г. проведена реконструкция внутреннего убранства храма. В1999 году, к 250-летию города Ростова, восстановлена колокольня в её первоначальном виде. Над проектом восстановления работал архитектор Ю.Н.Солнышкин.